一文全解丨临床组织样本科研7问，科研人必看！

原创已于 2025-12-04 14:49:56 修改 · 631 阅读

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GEO检测

于 2025-09-18 15:21:11 首次发布

在与临床医生的合作交流中，我们注意到，医生们对于临床组织样本质量是否合格、推荐的样本量以及样本采集注意事项等实操问题，仍存在高频的顾虑。为系统回应这些高频疑问，本文将逐一作出清晰、科学的解答。

Q1：FFPE(福尔马林固定石蜡包埋)样本也能做蛋白质组学吗？

A:FFPE样本是临床蛋白质组学研究的重要资源，长期以来广泛应用于临床检验领域，如细胞形态学观察和肿瘤病理分析（例如HE染色和免疫组化）。传统观念认为，福尔马林固定会导致蛋白质发生交联而失活，从而难以实现准确的蛋白定量。然而，新一代抗交联逆转技术已成功突破该限制，结合高通量质谱（如TMT/DIA）可实现定量检测，解除90%以上的分子封印[1, 2]。

全球顶级期刊Nature Medicine近年发表的多项研究表明，经优化处理的FFPE样本与新鲜冻存组织在蛋白质组定量数据上具有高度一致性，定量相关系数（R²）可达0.85以上。FFPE样本的蛋白鉴定数目和常规样本的蛋白鉴定数目相近[3]，FFPE与新鲜冻存组织的蛋白质组重叠率可达60-91%[4-7]（具体数值取决于质谱技术及样本前处理方法）。谱度众合在FFPE及常规组织样本的蛋白质组学检测方面积累了丰富经验，可充分保障数据质量。

Q2：三类样本通常能够定量到多少种蛋白质？

A:样本类型、样本质量、检测时间及质谱仪器等因素均会影响检测深度。三类不同样本类型，各有科研优势，通常来说：

➢ 新鲜冻存组织：能够最大限度保留天然蛋白结构，但对储存条件要求较高，长期存放可能导致蛋白降解（建议<5年）。常规检测深度为6,000-10,000种蛋白。

➢ FFPE组织：临床资源丰富，支持回顾性研究，甚至可分析医院病理库存储超过20年的样本。常规检测深度为6,000-9,000种蛋白。

➢ 临床穿刺样本：需至少2针18G穿刺芯（约10mg）才可稳定检出超过5,000种蛋白。每减少1mg组织，蛋白检出量将下降约600种。

Q3：存放10年的FFPE样本是否仍可使用？固定时间过久或样本存疑的样本，是否仍可使用？

A:许多医生关心长时间保存或保存条件不理想的FFPE/临床组织样本能否仍用于蛋白质组定量研究并定量到足够蛋白。这里以FFPE为例进行说明：

❶ 组织的固定使用的是福尔马林溶液。为了获得最佳的固定结果，应当使用中性的福尔马林缓冲溶液，以取代无缓冲或酸性的溶液。经中性缓冲福尔马林保存的样本，10年内蛋白质检出成功率＞85%。文献显示，存档20年的FFPE样本蛋白检出量仅下降6%；若保存温度＞30℃，蛋白降解速度将提高3倍[8]。

❷ 为提升石蜡包埋组织中蛋白质的回收效率，应尽量缩短组织固定前的操作时间，减少在切片制作过程中甲醛固定时间，避免发生组织自溶、核酸和蛋白表达谱发生明显改变。固定延迟（离体＞2小时）将直接导致蛋白损失，需尽量确保样本在死亡后30分钟内浸入固定液。

若医生担心样本在采集或保存过程中存在操作不规范，可能影响后续蛋白质组定量结果，我们推荐可先送检1-2例样本进行质谱检测预实验，以评估样本质量。

Q4：样本临床采集过程及处理中需要注意什么？

A:所有临床固体组织样本均易受血液污染，因此在采集病理部位组织时，应剥离样本上附着的其他组织，仅保留实验待研究部分，并使用生理盐水冲洗直至无明显血液流出。穿刺样本尤其易受血液污染干扰，需在术中与临床医生协同优化进针路径以避开血管，术后立即采用低渗裂解液去除红细胞。更多详细内容，可以参照实验室样本采集指南处理。

Q5：该临床组织蛋白质组学产品包含哪些分析内容及可产出哪些科研成果？

A:本产品交付的项目报告内容涵盖中科院2区文章（最新见刊标准）90%工作量。依托公司实验室专业质控体系的成熟前处理技术，确保不同来源样本的蛋白数据高保真性与高质量。完整版报告包含全部10大分析模块，60+项分析内容。此产品可用于挖掘机制线索、寻找生物标志物、探索潜在药物、研究分子亚型。报告不仅可用于SCI论文发表，也可作为项目申报的前期基础，研究成果中的生物标志物和临床模型还可用于申报发明专利等。