【文献阅读】EndoNet A Deep Architecture for Recognition Tasks on Laparoscopic Videos (Cholec80数据集)

CholecSeg8k数据 计算机辅助手术的发展是为了提高手术的准确性和安全性。然而,研究人员和工程师在开发和训练更好的算法时,要忍受有限的注释数据。因此,诸如同步定位与映射(SLAM)等基础算法的发展受到了限制。本文阐述了为语义分割准备数据集的工作,这是许多计算机辅助手术机制的基础。基于Cholec80数据集[3],我们从Cholec80的17个视频片段中提取了8080个腹腔镜胆囊切除术图像帧,并对图像进行了标注。该数据集名为CholecSeg8K,总大小为3GB。 阅读详情

关于数据集的整理

Cholec80 胆囊切除手术视频数据集介绍

https://zhuanlan.zhihu.com/p/700024359

数据集信息

Cholec80 数据集

是一个针对内窥镜引导

下的胆囊切除手术视频流程识别数据集。数据集提供了每段视频中总共7种手术动作及总共7种手术工具的标注,标注精确到每帧,且都由专业的外科手术医生标注。数据集包含总共80段视频共计370168张图像的视频数据,每隔25帧采样一张图像。数据集按照1:1的比例划分为训练集和测试集。

胆囊切除手术是一种常见的外科手术,旨在移除疾病或感染的胆囊。尽管这是一种广泛进行的手术,其复杂性和对精确手术操作的需求强调了利用先进技术来提高手术结果的重要性。Cholec80 数据集提供了较为细粒度的、类别丰富的标注信息,涵盖胆囊切除手术中常见的动作类型与器械类型,为开发计算机辅助的内窥镜胆囊切除术导航系统

提供支持。更进一步地,该数据集也为开发相关的能准确模拟外科医生操作的手术机器人提供支持。

数据集元信息

维度 模态 任务类型 解剖结构 解剖区域 类别数 数据量 文件格式
2D 内窥镜 识别、分类 胆囊 腹腔 14 370168 .png

图像尺寸统计

size
各维度最小值 480x854
各维度中值 480x854
各维度最大值 480x854

标签信息统计

图1截取自论文中的测试集中的器械类型分布及手术动作类型分布,由于训练集与测试集在划分时保证了各类别间的比例,因此测试集的分布可以反映整个数据集的分布。图1中Evaluation对应的分布即数据集的分布。其中P1~P7对应的动作名如图2.

图1,数据集手术动作及器械分布

手术动作ID对应的名字

可视化

手术器械类型可视化

手术动作可视化(选取自CholecT45数据集,因为它是Cholec80数据集的子集)

文件结构

TF-Cholec80
├── frames
│   ├── video01
│   │   ├── video01_000001.png
│   │   ├── video01_000002.png
│   │   ├── video01_000003.png
│   │   ├── video01_000004.png
│   │   ├── video01_000005.png
│   │   └── ...
│   ├── video02
│   │   ├── video02_000001.png
│   │   ├── video02_000002.png
│   │   ├── video02_000003.png
│   │   ├── video02_000004.png
│   │   ├── video02_000005.png
│   │   └── ...
│   ├── video03
│   │   ├── video03_000001.png
│   │   ├── video03_000002.png
│   │   ├── video03_000003.png
│   │   ├── video03_000004.png
│   │   ├── video03_000005.png
│   │   └── ...
│   ├── video04
│   │   ├── video04_000001.png
│   │   ├── video04_000002.png
│   │   ├── video04_000003.png
│   │   ├── video04_000004.png
│   │   ├── video04_000005.png
│   │   └── ...
│   ├── video05
│   │   ├── video05_000001.png
│   │   ├── video05_000002.png
│   │   ├── video05_000003.png
│   │   ├── video05_000004.png
│   │   ├── video05_000005.png
│   │   └── ...
│   └── ...
├── phase_annotations
│   ├── video01-phase.txt
│   ├── video02-phase.txt
│   ├── video03-phase.txt
│   ├── video04-phase.txt
│   ├── video05-phase.txt
│   └── ...
└── tool_annotations
    ├── video01-tool.txt
    ├── video02-tool.txt
    ├── video03-tool.txt
    ├── video04-tool.txt
    ├── video05-tool.txt
    └── ...

来源信息

官方网站 https://github.com/CAMMA-public/TF-Cholec80
下载链接 https://github.com/CAMMA-public/TF-Cholec80
【腹腔镜数据集】Cholec80+CholecSeg8k2020+Endoscapes2024 计算机辅助手术的发展旨在提高手术的正确性和安全性。然而,研究人员和工程师却面临着开发和训练更好算法所需的注释数据有限的问题。因此,同步定位与建图(SLAM)等基础算法的发展受到限制。基于Cholec80数据集,从Cholec80中的17个视频片段中提取了8,080个腹腔镜胆囊切除术图像帧,对图像进行注释并向公众发布。该数据集名为 CholecSeg8K。这些图像中的每一个都以十三个类别的像素级注释,这些类别通常在腹腔镜胆囊切除术中发现。 阅读详情

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