MRI图像切片（nii格式转2D）

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最新推荐文章于 2026-03-26 10:48:36 发布

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代码参考：将一个MRI（nii格式）数据进行切片想要批量抽取MRI数据的几个切片，借鉴了上述代码的Python版本，原始代码抽取了全部切片。本次实验主要是抽取sMRI的横断面（axial）方向的其中30张切片，数量根据自己需求可自行设置。import scipy, numpy, shutil, os, nibabelimport sys, getoptimport imageiodef niito2D(filepath): inputfiles = os.listdir(filep

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代码参考：将一个MRI（nii格式）数据进行切片

想要批量抽取MRI数据的几个切片，借鉴了上述代码的Python版本，原始代码抽取了全部切片。本次实验主要是抽取sMRI的横断面（axial）方向的其中30张切片，数量根据自己需求可自行设置。

import scipy, numpy, shutil, os, nibabel
import sys, getopt
import imageio

def niito2D(filepath):
    inputfiles = os.listdir(filepath)  #遍历文件夹数据
    outputfile = 'result\\'       #输出文件夹
    print('Input file is ', inputfiles)
    print('Output folder is ', outputfile)

    for inputfile in inputfiles:
        image_array = nibabel.load(filepath+inputfile).get_data() #数据读取
        print(len(image_array.shape))

        # set destination folder
        if not os.path.exists(outputfile):
            os.makedirs(outputfile)   #不存在输出文件夹则新建
            print("Created ouput directory: " + outputfile)
        print('Reading NIfTI file...')

        total_slices = 30  #总切片数
        slice_counter = 70 #从第几个切片开始

        # iterate through slices
        for current_slice in ra