IGV可视化（导入自己的参考基因组和注释文件）

1. 加载参考基因组

这里我加载的依然是hg19,只是示范流程，换成自己的参考基因组就行

Tools-->Run igvtools

会多生成一个hg19.fa.fai文件

点击Genomes-->create a .genome file

2. 导入注释文件

会多生成一个.sorted.gtf文件

点击File-->load from file加载.sorted.gtf

这步是创建索引，点Go创建索引，会多一个以idx结尾的文件

加载sorted.gtf

此时看上去什么都没有，但是这时候选择一条具体的染色体就会出现东西

3. 导出基因名和位置信息

值得注意的是导入自己的参考基因组并不能根据基因名去定位，所以需要导出基因所在的位置，根据位置去查询

查看gtf前10行

head -n 10 gencode.v19.annotation.sorted.gtf

less -S gencode.v19.annotation.sorted.gtf | grep -w "gene" | awk '{for (i=1; i<=NF; i++) if ($i == "gene_name") print $1"\t"$4"\t"$5"\t"$(i+1)}' | sed 's/[";]//g' > gene.info3.xls

注意查找基因的时候，后面冒号是英文

参考链接：

IGV 导入本地基因组及注释文件 - 简书 (jianshu.com)

2019意犹未尽的基因组可视化IGV（一） - 简书 (jianshu.com)

IGV展示gff文件 - 简书 (jianshu.com)