基于图神经网络的脱氢焓预测方法研究
1. 背景
在化学领域,液态有机氢载体(LOHC)材料的筛选问题可归结为化学性质预测(CPP)的一个具体实例。下面介绍一些与该研究密切相关的现有CPP方法。
- 利用分子特征的CPP :分子的化学性质由其物理化学结构决定。定量结构 - 活性/性质关系(QSAR/QSPR)建模方法采用计算机模拟的方式来预测化学性质。例如OPEn结构 - 活性/性质关系应用程序(OPERA),它在分子特征上应用加权k近邻算法。
- 利用SMILES表示法的CPP :简化分子线性输入规范(SMILES)是一组用字符表示原子和键的字符串。早期研究成功地将SMILES应用于CPP。然而,一个分子可能有多个SMILES字符串,这可能导致模型输出具有排列可变性。图神经网络(GNNs)通过利用节点之间的连接性解决了这个问题,使其具有排列不变性,并且在CPP中表现出优越的性能。
2. 图神经网络
2.1 定义
假设一个图$G = {V, E}$,其中$V$是节点集,$E$是边集。每个节点$v \in V$有一个节点特征$x_v \in X$($X$表示节点特征变量);连接节点$v$和$u$的每条边$e_{uv} \in E$有一个边特征$e_{vu} \in E$($E$表示边特征变量)。GNN在第$k$层产生节点表示$h^{(k)} v$的公式为:
$h^{(k)}_v = COMBINE(h^{(k - 1)}_v, AGGREGATE({h^{(k - 1)}_v, h^{(k - 1)}_u, e {vu} : u
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