单细胞marker基因表达密度图-(还有一个包装函数)

单细胞基础分析 | 对细胞按照基因marker进行分型(ACC脑区) 因项目的需求,需要对数据进行简单的分类,然后找差异表达基因。 虽然我自知自己在这个过程中的很多方面并不理解透彻,很糊涂的去做。但是我愿意去尝试完成。 现在开始跟着Seurat上面的教程一点点的来做。 参考链接:https://satijalab.org/seurat/articles/pbmc3k_tutorial.html 1、加载分析必须的包 library(Seurat) library(dplyr) library(patchwork) 2、加载10XGenomics 数据 data<-. 阅读详情

有小伙伴说想要做单细胞marker基因表达密度图,我一想,好像之前是做过的(单细胞marker基因可视化的补充---密度图与等高线图)。但是他又说没有文献中的效果。后来我一看,是因为着色的问题。其实用Nebulosa包(GitHub - powellgenomicslab/Nebulosa: R package to visualize gene expression data based on weighted kernel density estimation)就可以完成。


首先我们读入数据,分析下marker基因,用于作图:


setwd('D:\\KS项目\\公众号文章\\单细胞marker基因密度图')

library(Seurat)
library(Nebulosa)
library(ggnetwork)
library(dplyr)

markers <- FindAllMarkers(mouse_data, logfc.threshold = 0.5, min.pct = 0.5)
markers_plo
单细胞Marker基因可示化包Nebulosa 与传统的转录组测序相比,单细胞测序技术噪声很大,使得单细胞转录组数据包含大量的dropout事件(导致基因表达量为0或接近0),即使是一些标记(Marker)基因也有可能表达量很低。当在使用其对聚类的细胞类型进行注释的时候,往往会影响可视化效果。 Nebulosa是一个基于加权核密度估计新出的R包,用于可视化单细胞的数据。它的目的是通过纳入细胞之间的相似性,允许细胞特征的 “卷积”,来恢复丢失的基因信号。 数据准备 首先需要安装和加载相应的包: if (!requireNamespace(“BiocMana 阅读详情

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