有小伙伴说想要做单细胞marker基因表达密度图,我一想,好像之前是做过的(单细胞marker基因可视化的补充---密度图与等高线图)。但是他又说没有文献中的效果。后来我一看,是因为着色的问题。其实用Nebulosa包(GitHub - powellgenomicslab/Nebulosa: R package to visualize gene expression data based on weighted kernel density estimation)就可以完成。

首先我们读入数据,分析下marker基因,用于作图:
setwd('D:\\KS项目\\公众号文章\\单细胞marker基因密度图')
library(Seurat)
library(Nebulosa)
library(ggnetwork)
library(dplyr)
markers <- FindAllMarkers(mouse_data, logfc.threshold = 0.5, min.pct = 0.5)
markers_plo
1979


&spm=1001.2101.3001.11974&articleId=145949128&d=1&t=3&u=5ba54aebc6624e239993971c6e63d144)

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