用R语言做WGCNA分析全步骤一(附代码解读)【转载】

VIP用R语言做WGCNA分析全步骤一(附代码解读)【转载】
代码逐句分析一、文章来源二、基因共表达网络构建及模块识别1.数据导入、清洗及预处理2.检查过度缺失值和离群样本3.聚类做离群样本检测4.载入临床特征数据三、自动构建网络及识别模块1.确定合适的软阈值:网络拓扑分析2.一步构建网络和识别模块一、文章来源初学WGCNA,觉得博主的代码写的很不错,但其中很多代码在第一遍看的时候有很多地方不理解,后查阅了很多资料,终于看明白了,于是写了一篇笔记,记录自己的学习心得,有不准确的地方,还望各位大佬们不吝赐教~原文链接:WGCNA简明指南二、基因共表达网络构建及模
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一、文章来源

初学WGCNA,觉得博主的代码写的很不错,但其中很多代码在第一遍看的时候有很多地方不理解,后查阅了很多资料,终于看明白了,于是写了一篇笔记,记录自己的学习心得,有不准确的地方,还望各位大佬们不吝赐教~
原文链接:WGCNA简明指南

二、基因共表达网络构建及模块识别

1.数据导入、清洗及预处理

示例数据下载:https://horvath.genetics.ucla.edu/html/CoexpressionNetwork/Rpackages/WGCNA/Tutorials/FemaleLiver-Data.zip
打开后是这样的,一共包括三个文件,依次是:
①临床性状文件,里面有样本名,各性状数据,其他无用数据
②基因注释文件,包含基因ID与基因名之间的对应关系,方便后面转换
③基因表达矩阵,样本名以及各基因的表达量构成的表达矩阵
三个文件可以自己打开看一下
在这里插入图片描述
注:如果library(‘WGCNA’)出现问题,请转链接:WGCNA包安装

# BiocManager::install("WGCNA") 
library('WGCNA')
# 在读入数据时,遇到字符串之后,不将其转换为factors,仍然保留为字符串格式
options(stringsAsFactors = FALSE)
# 导入示例数据,这里填写自己存放表达矩阵的路径
femData = read.csv("D:\\desktop\\FemaleLiver-Data\\LiverFemale3600.csv")	# femData代表该文件
# 查看数据
dim(femData)	# dim查看矩阵形状
names(femData)	# names查看列标,即每一列的标题

*** 此时femData存放的是带有其他信息的各样本的基因表达量

如下图,行标MMT…表示基因名,列标F2_2这种表示样本名,但还有其他的无用的列,所以需要把这些列删除
在这里插入图片描述

# 提取样本-基因表达矩阵
datExpr0 = as.data.frame(t(femData[, -c(1:8)]))
# 删除femData矩阵第1到8列,再转置,再变为数据格式,将所得用datExpr0表示
# 第一列是基因名,也删除了,即要以所有列标都是样本名的形式做转置
names(datExpr0) = femData$substanceBXH
# 转置后,行标变成了样本名,然后重新加入基因名作为列标
# femData$substanceBXH表示在femData矩阵里面依次取substanceBXH列的值
# names表示列标,即将这些值(基因名)作为datExpr0的列标
rownames(datExpr0) = names(femData)[-c(1:8)]
# 将femData列标的第1到8个删除后,其余的列标依次作为datExpr0的行标,但本步可以不用,因为在定义datExpr0时就已经完成了这不

***names是列标,rownames是行标
至此,我们得到的datExpr0是一个列表为样本名,行标为基因的一个基因表达矩阵,按如下代码观察其前六行六列

> datExpr0[1:6,1:6]
      MMT00000044 MMT00000046 MMT00000051 MMT00000076 MMT00000080 MMT00000102
F2_2   -0.0181000     -0.0773 -0.02260000    -0.00924 -0.04870000  0.17600000
F2_3    0.0642000     -0.0297  0.06170000    -0.14500  0.05820000 -0.18900000
F2_14   0.0000644      0.1120 -0.12900000     0.02870 -0.04830000 -0.06500000
F2_15  -0.0580000     -0.0589  0.08710000    -0.04390 -0.03710000 -0.00846000
F2_19   0.0483000      0.0443 -0.11500000     0.00425  0.02510000 -0.00574000
F2_20  -0.1519741     -0.0938 -0.06502607    -0.23610  0.08504274 -
VIP WGCNA分析,单细胞组学(TCGA)R语言实践全流程 WGCNA利用数千或近万个变化最大的基因或全部基因的信息识别感兴趣的基因集,并与表型进行显著性关联分析。R语言实践全流程。 开通可读全文·4.1k 阅读·2 点赞·36 收藏 阅读全文

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