【两个Skill打造Codex科研助理：Zotero论文精读+Obsidian知识库问答】

在科研工作中，我们经常会陷入一种低效循环：Zotero 里收藏了大量论文，PDF 里画满了高亮，Obsidian 里也写了不少笔记，但真正写论文、做综述、回应审稿意见时，却仍然要重新翻文献、找引用、整理观点。

随着 Codex 这类 AI Agent 工具的发展，科研工作流开始出现一种新的可能：不是让 AI 凭空替我们写论文，而是让 AI 读取我们已经整理好的文献库和笔记库，在可靠材料的基础上帮助我们完成论文精读、文献整理、知识检索和学术写作辅助。

这篇文章要介绍的就是这样一套工作流：使用 Zotero Analytical Workflow Skills 和 Research Vault Literature Retrieval Skill 两个 Skill，把 Zotero、Obsidian 和 Codex 连接起来，实现从“论文进入知识库”到“知识库问答复用”的完整科研闭环。

一、前期准备

1. Zotero

• 安装 Zotero 桌面端，按研究方向建立 Collection
• 安装 Better BibTeX 插件，并设置 citation key

1. 下载 Better BibTeX 的 .xpi 文件
2. 打开 Zotero
3. 点击 Tools / 工具
4. 点击 Plugins / 插件
5. 将 .xpi 文件拖入插件窗口
6. 安装后重启 Zotero

2. Obsidian

• 新建一个Vault，例如：ResearchVault

目录结构如下：

ResearchVault/
├─ LiteratureNotes/
├─ Templates/
├─ indices/
└─ AGENTS.md

目录说明：

LiteratureNotes：论文精读笔记
Templates：精读模板、综述模板、问答模板
indices：索引页
AGENTS.md：给 Codex 的项目规则

• 安装 Zotero Integration 插件

Settings
→ Community plugins
→ Browse
→ 搜索 Zotero Integration
→ Install
→ Enable

Zotero Integration 插件可以把 Zotero 的 citations、bibliographies、notes 和 PDF annotations 插入或导入 Obsidian，并且要求使用 Better BibTeX。

• 安装 Dataview 插件
  Dataview 用于根据笔记 frontmatter 自动生成索引表。

• 准备论文精读模板
  在ResearchVault/05_Templates/中新建paper-note-template.md，例如：

---
title: "{{title}}"
authors: "{{authors}}"
year: "{{year}}"
journal: "{{journal}}"
doi: "{{doi}}"
citekey: "{{citekey}}"
tags:
  - literature
status: unread
---

# {{title}}

## 1. 基本信息

- 作者：{{authors}}
- 年份：{{year}}
- 期刊/会议：{{journal}}
- DOI：{{doi}}
- 引用键：[@{{citekey}}]

## 2. 研究背景

这篇论文为什么要做这个研究？

## 3. 研究问题

本文主要解决什么科学问题或工程问题？

## 4. 研究方法

作者采用了什么方法、模型、实验或理论？

## 5. 数据与实验

- 数据来源：
- 样本规模：
- 实验设置：
- 评价指标：

## 6. 主要结论

- 

## 7. 创新点

- 

## 8. 局限性

- 

## 9. 可用于我论文的位置

- 可用于引言：
- 可用于相关工作：
- 可用于方法对比：
- 可用于实验讨论：
- 可用于未来展望：

## 10. PDF 标注与摘录

{{annotations}}

## 11. 我的思考

- 

## 12. 关联概念

- [[]]

二、安装Codex

1. 安装Codex桌面版

2. 安装 Zotero Analytical Workflow Skills 和 Research Vault Literature Retrieval Skill

• 将Zotero Analytical Workflow Skills 和 Research Vault Literature Retrieval Skill下载到skills文件夹中

下载地址：https://download.csdn.net/download/qq_44770178/93058869

• 将Codex工作目录设置为skills，并说：

请安装Zotero Analytical Workflow Skills 和 Research Vault Literature Retrieval Skill

Codex会将skill安装到C:\Users\你的用户名\.agents\skills\

三、使用

将Codex工作目录设置为ResearchVault

1. 精读单篇论文

请处理Zotero中“xxx”集合下的论文“xxx”。

要求：
1. 使用 Templates/paper-note-template.md 模板；
2. 生成一篇结构化精读笔记；
3. 保存到 LiteratureNotes/；
4. 不要虚构信息，缺失内容标注“信息不足”。

2. 批量精读

请处理 Zotero 中 “xxx” 集合下的所有论文。

要求：
1. 每篇论文生成一篇 Markdown 精读笔记；
2. 保存到 LiteratureNotes/；
3. 使用 Templates/paper-note-template.md；
4. 从 references/library.bib 中核对 citekey；
5. 如果已有同名笔记，不要覆盖，先提示我；
6. 不要虚构论文信息。

3. 知识库问答

请检索 ResearchVault中与 “xxx” 相关的文献笔记。

请列出最相关的论文，并说明：
1. 每篇论文研究了什么问题；
2. 使用了什么方法；
3. 对我的 xxx 研究有什么参考价值；
4. 给出 citekey。

四、最终效果

Zotero
  ↓
收集论文、管理 PDF、做高亮和批注

Zotero Analytical Workflow Skills
  ↓
读取 Zotero 论文 / 文献资料，生成结构化精读笔记

Obsidian / Research Board
  ↓
保存文献笔记、概念卡片、项目笔记、论文草稿

Research Vault Literature Retrieval Skill
  ↓
检索 Obsidian 中的笔记，进行知识问答、综述生成、文献对比

Codex
  ↓
作为 AI 科研助理，执行精读、整理、检索、写作辅助