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单细胞测序流程(三)质控和数据过滤——Seurat包分析,小提琴图和基因离差散点图
单细胞测序流程(五)t-sne聚类分析和寻找marker基因
单细胞测序流程(七)单细胞的细胞类型轨迹分析
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本期主讲内容——单细胞的maeker基因转化和富集分析
marker基因转化是为了将基因的id和基因名进行转换,方便后续的计算,富集分析是对marker进行可视化分析,但是我我们需要知道富集富集,富集是要看跟谁比!在做富集分析的
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单细胞测序流程(三)质控和数据过滤——Seurat包分析,小提琴图和基因离差散点图
单细胞测序流程(五)t-sne聚类分析和寻找marker基因
单细胞测序流程(七)单细胞的细胞类型轨迹分析
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marker基因转化是为了将基因的id和基因名进行转换,方便后续的计算,富集分析是对marker进行可视化分析,但是我我们需要知道富集富集,富集是要看跟谁比!在做富集分析的
单细胞基础分析 | 对细胞按照基因marker进行分型(ACC脑区)
因项目的需求,需要对数据进行简单的分类,然后找差异表达基因。 虽然我自知自己在这个过程中的很多方面并不理解透彻,很糊涂的去做。但是我愿意去尝试完成。 现在开始跟着Seurat上面的教程一点点的来做。 参考链接:https://satijalab.org/seurat/articles/pbmc3k_tutorial.html 1、加载分析必须的包 library(Seurat) library(dplyr) library(patchwork) 2、加载10XGenomics 数据 data<-.
单细胞测序流程(九)单细胞的GO圈图
系列文章目录 提示:这里可以添加系列文章的所有文章的目录,目录需要自己手动添加 例如:第一章 Python 机器学习入门之pandas的使用 提示:写完文章后,目录可以自动生成,如何生成可参考右边的帮助文档 文章目录 单细胞测序流程(一)简介与数据下载 单细胞测序流程(二)数据整理 单细胞测序流程(三)质控和数据过滤——Seurat包分析,小提琴图和基因离差散点图 单细胞测序流程(四)主成分分析——PCA 单细胞测序流程(五)t-sne聚类分析和寻找marker基因 单
单细胞测序流程(十)单细胞的kegg富集分析和圈图(终章)
系列文章目录 文章目录 单细胞测序流程(一)简介与数据下载 单细胞测序流程(二)数据整理 单细胞测序流程(三)质控和数据过滤——Seurat包分析,小提琴图和基因离差散点图 单细胞测序流程(四)主成分分析——PCA 单细胞测序流程(五)t-sne聚类分析和寻找marker基因 单细胞测序流程(六)单细胞的细胞类型的注释 单细胞测序流程(七)单细胞的细胞类型轨迹分析单细胞测序流程(八)单细胞的marker基因转化和GO富集分析 单细胞测序流程(九)单细胞的GO圈图
单细胞测序marker基因转化与GO富集分析实战:从基因列表到生物学功能解读
单细胞测序分析中,如何将大量的marker基因转化为有生物学意义的功能注释,是细胞类型鉴定和机制解读的关键。本文从基因本体论(GO)的基本概念出发,解释了富集分析的统计原理——超几何检验与多重假设校正,并介绍了通过基因ID转换(如SYMBOL转ENTREZID)衔接clusterProfiler等工具的技术路径。在单细胞转录组下游分析中,该流程帮助科研人员将差异基因列表提升为生物学过程、分子功能和细胞组分的系统解读,广泛应用于细胞注释验证、疾病机制研究和论文图表展示。结合实际案例,文章还讨论了背景基因设置、
零代码单细胞分析:CellxGene、PanglaoDB与HCA协同实战指南
单细胞分析正从计算生物学家专属走向实验科学家日常工具。其核心在于将复杂生物信息学流程(如质控、聚类、注释、拟时序、细胞互作)封装为无需编程的交互式操作,依托标准化数据格式(如CSV矩阵)、预校准参考数据库(如HCA免疫marker)和跨尺度整合能力(空间+发育+表达)。零代码并非功能简化,而是通过工程化手段(Docker环境固化、Kubernetes任务调度、WebGL渲染)将技术复杂性后移,使血液免疫等垂直领域研究者能聚焦生物学问题本身——例如快速识别Treg亚群、验证TGFB1-TGFBR1通讯轴、定位
免疫浸润分析实战:ssGSEA原理与R实现指南
转录组测序数据中蕴藏着肿瘤微环境的免疫细胞浸润信息,通过特征基因集评估不同免疫细胞亚群的相对丰度,是肿瘤免疫研究的关键步骤。单样本基因集富集分析(ssGSEA)作为一种无需反卷积矩阵的算法,能够在单个样本水平上量化免疫细胞富集分数,其原理基于基因表达排序与经验累积分布函数的差值积分,对数据格式要求宽松且结果稳健。借助GSVA包,研究者可从表达矩阵快速获取免疫浸润评分,进而开展分组比较、生存分析等下游应用。本文系统梳理ssGSEA的核心原理、数据准备、R语言实现步骤及常见问题排查,为免疫浸润分析和肿瘤微环境相
Unity PSD分层导入插件ps2d原理与实战指南
PSD作为UI设计主流源文件,其图层结构、混合模式、文字矢量属性等核心语义在传统引擎导入中普遍丢失,导致设计还原度低、多语言适配难、运行时不可控。ps2d通过深度解析PSD二进制规范,将图层映射为GameObject树、文字转为TextMeshPro可编辑组件、形状生成矢量Mesh、蒙版与图层样式编译为定制Shader,实现设计意图的精准程序化表达。该方案显著提升UI开发效率,支撑高保真还原、动态修改、分辨率自适应及运行时热重载等工程需求,是Unity中连接设计师与程序员的关键工作流中枢。
VisionPro实战:5个工业视觉检测案例详解(附代码片段)
本文详细解析了VisionPro在工业视觉检测中的5个实战案例,包括PCB焊点质量检测、汽车齿轮尺寸测量、药品包装缺陷检测等。通过硬件配置方案和软件算法流程的详细介绍,帮助工程师快速掌握VisionPro的应用技巧,提升工业自动化检测效率。
用VSCode远程开发Jetson小车:告别Jupyter,在本地IDE高效调试Rosmaster Python程序
本文详细介绍了如何利用VSCode的Remote-SSH扩展在本地IDE中高效开发Jetson小车的Rosmaster Python程序。通过配置远程开发环境、调试技巧和项目管理方法,开发者可以告别Jupyter Notebook的碎片化编码,实现完整的机器人控制程序开发,显著提升工作效率。
手把手教你学PCIE--固件与BIOS配置 - BIOS设置对PCIe性能的影响
本文详细分析了BIOS设置对PCIe性能的影响,并提供了优化建议。通过合理调整链路参数、功耗管理策略和高级功能配置,可以显著提升系统的性能和稳定性。本文将进一步分析BIOS设置如何影响PCIe设备的性能,并提供优化建议。BIOS(或UEFI)是系统启动时的第一个控制层,其设置直接决定了PCIe设备的工作状态和性能表现。BIOS中的功耗管理选项(如C-States、P-States)会影响PCIe链路的低功耗模式(L0s/L1)。MSI/MSI-X中断具有更高的性能和更好的可扩展性,应作为首选方案。
Modbus协议学习第一篇之基础概念
因工作需要而接触Modbus,正在恶补知识,利用博客的方式来加深理解和记忆,同时希望同行大佬能一起交流。
CloudCompare 二次开发(36)——非均匀体素降采样
使用CloudCompare与PCL编程实现的非均匀体素降采样。
基于STM32、HAL库的AD7124-8BCPZ模数转换器ADC驱动程序设计
/ 配置0: 使用内部参考电压(2.5V),增益128,双极性。// 配置通道0: AIN0+和AIN1-,使用配置0和滤波器0。// 100ms采样间隔。// 转换为电压值(使用内部2.5V参考电压)// 构造读命令: 最高位为1表示读,接下来7位是寄存器地址。// 构造写命令: 最高位为0表示写,接下来7位是寄存器地址。// 配置滤波器0: 输出数据率50Hz,后置滤波器4。
pscad IEEE标准系统搭建说明
pscad IEEE标准系统搭建说明,包含典型的IEEE 9节点、14节点、30节点、39节点和118节点系统。内含标准测试系统的原始数据和潮流结果。
Devexpress16.2.6破解工具
Devexpress16.2.6破解工具Devexpress16.2.6破解工具Devexpress16.2.6破解工具Devexpress16.2.6破解工具
假人有限元模型
假人模型,车辆碰撞假人有限元模型,适合做乘员安全的研究者利用
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