RDKit | 基于Murcko骨架聚类化合物库

化合物多样性评估

        一种方法是使用合适的指纹技术将化合物矢量化并评估他们之间的距离。这种方法经常被使用,但是对于人类很难直观地理解化合物之间的距离。

        基于Murcko骨架,分子大致聚集在化合物骨架中,并且每个簇中的顶部化合物都作为候选化合物。此方法非常符合人类的直觉,因此可以预期人将通过查看候选化合物列表来自动缩小化合物的范围。

 

Murcko骨架

Murcko骨架通过从化合物中去除多余的侧链并仅表达连接它们的“环结构”和“连接子”,可以执行更简单的化合物表达。

Murcko骨架生成
Murcko骨架生成

 

RDKit实战:用Scaffold Split提升分子属性预测模型的泛化能力(附Python代码) 本文详细介绍了如何利用RDKit中的Scaffold Split技术提升分子属性预测模型的泛化能力,包括实现原理、Python代码示例及实际项目效果对比。通过Scaffold Split,模型能更好地预测全新分子骨架,适用于药物发现和材料科学领域,显著提升真实场景中的预测准确性。 阅读详情

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