【最全】如何不写代码将 Dicom 图像转 Nifti 格式， 7种工具任你选！

大多数医学成像设备以复杂的 DICOM 格式(后缀 .dcm)的变体存储图像。许多科学工具希望医学图像以更简单的 NIfTI 格式（后缀 nii.gz）存储。事实上，我们做深度学习基本都是使用的 nii.gz 格式或者 nii 格式。

那么，如何将 dicom 格式转换为 Nifti 格式，是我们做研究的第一个难题。

本次推荐一个特别好用的转换工具（dcm2niix），可以批量转换你的 dicom 数据。当然，你要是不满足一种方案，直接拉到文章最后，查看转换工具汇总，总有一个适合你

dcm2niix 简介

dcm2niix 是一款由 NTRC团队开发的医学图像转换工具，用于将数字成像与通信（DICOM）格式的医学图像转换为更加通用的神经影像学信息交换（NIfTI）格式。该软件直接读取磁共振成像（MRI）和计算机断层扫描（CT）数据，并把它们转换为 NIfTI 格式。除此之外，dcm2niix 还能够处理其他信息，例如医院信息化系统（HIS）中的元数据、图像方向和标签等。

NTRC 团队还开发了 MRICron 软件，这是一款 NIfTI 格式的看图软件，而且它可以方便地调用 dcm2niix 进行图像转换。dcm2niix 的出现使得神经影像学数据的转换和处理更加高效、准确和便捷。

dcm2niix 使用方法-简单版

为了让各位看官对 dcm2niix 。有个初步印象和了解。在这里，先简单介绍一下如何使用。后面再跟深入的讲解安装和使用细节~

简单讲，使用分为 图形界面版和命令版

图形界面版

图形界面版需要先下载 MRICron。在上图左边设置好输出文件的命名格式，输出文件夹等参数，把dcm文件夹拖到右边空白处即可完成转换。

命令行版

对于使用 shell 命令不太熟，数据量少的朋友，可以使用图形界面版，鼠标点点点就可以了。当然计算机玩家还是推荐命令行版。

dcm2niix 图形界面安装和使用

图形界面版的安装

官方推荐下载 MRIcroGL 版本，是 MRICron 的升级版本。如下图，选择对应的操作系统下载安装即可

软件打开界面如下图👇

这个界面我还没研究透。还是用 MRICron 比较顺手。

使用方法

MRIcroGL包括一个简单的图形用户界面，用于控制dcm2niix。启动 MRIcroGL 后，选择 Import/ConvertDICOMtoNIfTI菜单项。

界面如下图所示。

复选框设置输出是压缩(创建.nii.gz文件)还是不压缩(创建.nii文件)。然后，您可以使用图片中描述的格式指定所需的输出文件名。

当您调整所需的输出名称时，软件将显示一个示例，说明您的文件将如何显示。您还可以选择是否要将输出保存到特定的文件夹中，或者是否应该在与输入DICOM文件相同的文件夹中创建NIfTI图像。

最后一步是拖放要转换为应用程序的文件夹。注意，界面总是以交互方式显示命令行，因此，当您通过选择复选框与界面交互时，您正在创建一个文本命令，您可以将其复制并粘贴到您喜欢的脚本中。

注意：我在 mac 中使用 MRIcroGL 转 Nii 时，会提示没有有效的DICOM文件，但是我换成 MRICron 就能成功。奇了怪了，搞不懂，遇到同样问题的话，你就使用