TCR-seq(T细胞受体测序)

Cancer Cell|scRNA-seq + scTCR + 空间多组学整合分析,揭示CD8⁺ T细胞在免疫治疗中的“双路径” | 临床问题的组学解答 近日,《Cancer Cell》刊登一篇研究系统分析了新辅助免疫治疗中CD8⁺ T细胞的谱系动态,并揭示两种组合免疫策略截然不同的作用路径。研究数据量超过37万细胞,集成scRNA-seq、scTCR-seq、CITE-seq与空间蛋白数据,构建了具有转化价值的CD8⁺ T细胞图谱。 阅读详情

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补充一下抗原呈递的部分,因为T细胞是不能直接识别抗原的,需要抗原呈递细胞(APC)把抗原处理成抗原肽-MHC分子复合物并结合在APC表面,然后与T细胞膜表面的TCR结合完成抗原的识别。若这个T细胞是辅助T细胞的话,就激活B细胞以释放抗体。若是细胞毒性T细胞则直接杀死病原体。

MHC:这是一种能与肽段结合的蛋白复合物,通过呈递抗原肽向T细胞反馈

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成熟的重链TCR基因由可变区(V)、多变区(D)、连接区(J)和恒定区(C)四部分基因片段组成(VDJC),轻链TCR则缺少D区(VJC)。重链和轻链TCR都具有3个互补决定区(complementarities determining region, CDR),在抗原识别中起主要作用:

  • CDR1和CDR2相对保守,负责识别MHC;
  • CDR3是负责识别抗原的主要CDR;

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TCR基因是人类基因组中复杂度最高的基因,也是变异程度最高的基因。这个复杂度主要源自3个因素:组成的多样性:成熟TCR的VDJC/VJC结构,是通过复杂的重组生成的。基因组中有65~100种V基因片段、2种D基因片段和13种J基因片段,TCR重组时需要从上述三种片段中各选一个,这赋予了TCR高度的多样性;连接的机动性:在重排的过程中,在V-D及D-J的连接区经常有非模板的核苷酸的随机插入或删除,CDR3由V和J或D和J之间连接区编码,因此增加了CDR3区的多样性;体细胞突变:T细胞D区的突变频率约为正常的10

手把手教你用scRNA-seq和scTCR-seq分析CD8⁺ T细胞在免疫治疗中的动态变化 本文详细介绍了如何整合单细胞RNA测序(scRNA-seq)与单细胞TCR测序(scTCR-seq)技术,深入解析CD8⁺ T细胞在癌症免疫治疗中的动态变化。通过从数据预处理、细胞亚群鉴定到TCR克隆追踪的完整分析流程,揭示了T细胞的功能状态转变与克隆演化规律,为理解免疫应答机制和开发精准治疗策略提供了关键方法学指导。 阅读详情

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hyena_7
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