Suzanna Lewis
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International Society for Biocuration (en) |
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Suzanna (Suzi) E. Lewis est scientifique et chercheuse principale au Berkeley Bioinformatics Open source Project basé au Laboratoire national Lawrence-Berkeley jusqu'à sa retraite en 2019. Lewis dirige le développement de normes ouvertes et de logiciels pour l'annotation du génome et les ontologies[1],[2],[3].
Biographie
[modifier | modifier le code]Lewis est titulaire d'une maîtrise en biologie et en informatique[4].
Elle dirige l'équipe responsable de l'annotation systématique[5] du génome de Drosophila melanogaster, qui comprend le développement du pipeline d'annotation et du cadre de base de données Gadfly[6], ainsi que de l'outil de conservation des annotations Apollo[7]. Les travaux de Lewis sur l'annotation du génome sont importants dans les exercices d'évaluation de la communauté GASP[8] pour évaluer l'état de l'art en matière d'annotation du génome, le développement du navigateur de génome Gbrowse[9] et le centre de coordination des données pour le projet modENCODE[10]. En plus de son travail sur l'annotation du génome, Lewis travaille au développement d'ontologies biomédicales ouvertes (OBO)[11] du National Center for Biomedical Ontology (NCBO)[12],[13] contribuant à l'ontologie génétique[14], à l'ontologie de séquence[15], aux ontologies d'anatomie Uberon[16] et développant des logiciels ouverts pour l'édition et la navigation dans les ontologies telles que AmiGO[17], OBO-Edit[18] et Phenote.
En 2005, elle est élue membre de l'Association américaine pour l'avancement des sciences en reconnaissance de ses contributions à la science dans les domaines de l'information, de l'informatique et de la communication[19].
Références
[modifier | modifier le code]- ↑ « Nominations for the Benjamin Franklin Award for Open Access in the Life Sciences 2012 » [archive du ]
- ↑ « Suzi Lewis - BioPerl » [archive du ]
- ↑ « Berkeley Drosophila Genome Project BDGP: Contact Info » [archive du ]
- ↑ « Suzanna Lewis: Berkeley Bioinformatics Open-source Projects (BBOP) » [archive du ]
- ↑ Misra, Crosby, Mungall et Matthews, « Annotation of the Drosophila melanogaster euchromatic genome: A systematic review », Genome Biology, vol. 3, no 12, , research0083.research0081–83.research0081 (PMID 12537572, PMCID 151185, DOI 10.1186/gb-2002-3-12-research0083)
- ↑ Mungall, Misra, Berman et Carlson, « An integrated computational pipeline and database to support whole-genome sequence annotation », Genome Biology, vol. 3, no 12, , research0081.research0081–81.research0081 (PMID 12537570, PMCID 151183, DOI 10.1186/gb-2002-3-12-research0081)
- ↑ Lewis, Searle, Harris et Gibson, « Apollo: A sequence annotation editor », Genome Biology, vol. 3, no 12, , research0082.research0081–82.research0081 (PMID 12537571, PMCID 151184, DOI 10.1186/gb-2002-3-12-research0082)
- ↑ Reese, Hartzell, Harris et Ohler, « Genome annotation assessment in Drosophila melanogaster », Genome Research, vol. 10, no 4, , p. 483–501 (PMID 10779488, PMCID 310877, DOI 10.1101/gr.10.4.483)
- ↑ Stein, Mungall, Shu et Caudy, « The Generic Genome Browser: A Building Block for a Model Organism System Database », Genome Research, vol. 12, no 10, , p. 1599–1610 (PMID 12368253, PMCID 187535, DOI 10.1101/gr.403602)
- ↑ Washington, Stinson, Perry et Ruzanov, « The modENCODE Data Coordination Center: Lessons in harvesting comprehensive experimental details », Database, vol. 2011, , bar023 (PMID 21856757, PMCID 3170170, DOI 10.1093/database/bar023)
- ↑ Smith, Ashburner, Rosse et Bard, « The OBO Foundry: Coordinated evolution of ontologies to support biomedical data integration », Nature Biotechnology, vol. 25, no 11, , p. 1251–1255 (PMID 17989687, PMCID 2814061, DOI 10.1038/nbt1346)
- ↑ Musen, Noy, Shah et Whetzel, « The National Center for Biomedical Ontology », Journal of the American Medical Informatics Association, vol. 19, no 2, , p. 190–195 (PMID 22081220, PMCID 3277625, DOI 10.1136/amiajnl-2011-000523)
- ↑ Rubin, Lewis, Mungall et Misra, « National Center for Biomedical Ontology: Advancing Biomedicine through Structured Organization of Scientific Knowledge », OMICS: A Journal of Integrative Biology, vol. 10, no 2, , p. 185–198 (PMID 16901225, DOI 10.1089/omi.2006.10.185, S2CID 14097452, lire en ligne)
- ↑ Botstein, Cherry, Ashburner et Ball, « Gene ontology: Tool for the unification of biology. The Gene Ontology Consortium », Nature Genetics, vol. 25, no 1, , p. 25–29 (PMID 10802651, PMCID 3037419, DOI 10.1038/75556)
- ↑ Eilbeck, Lewis, Mungall et Yandell, « The Sequence Ontology: A tool for the unification of genome annotations », Genome Biology, vol. 6, no 5, , R44 (PMID 15892872, PMCID 1175956, DOI 10.1186/gb-2005-6-5-r44)
- ↑ Mungall, Torniai, Gkoutos et Lewis, « Uberon, an integrative multi-species anatomy ontology », Genome Biology, vol. 13, no 1, , R5 (PMID 22293552, PMCID 3334586, DOI 10.1186/gb-2012-13-1-r5)
- ↑ Carbon S, Ireland A, Mungall CJ, Shu S, Marshall B, Lewis S; AmiGO Hub; Web Presence Working Group, « AmiGO: Online access to ontology and annotation data », Bioinformatics, vol. 25, no 2, , p. 288–289 (PMID 19033274, PMCID 2639003, DOI 10.1093/bioinformatics/btn615)
- ↑ Day-Richter, Harris, Haendel et Lewis, « OBO-Edit an ontology editor for biologists », Bioinformatics, vol. 23, no 16, , p. 2198–2200 (PMID 17545183, DOI 10.1093/bioinformatics/btm112)
- ↑ « AAAS News & Notes » [archive du ] (consulté le )
Liens externes
[modifier | modifier le code]- Ressources relatives à la recherche :
