A pesar do seu enorme tamaño, o Gran Banco de Chagos é en gran parte unha estrutura submarina. Só hai catro arrecifes emerxentes, a maioría localizados no bordo occidental do atol, a excepción da solitaria illa Nelson que se atopa illada no medio da franxa norte. Estes sete ou oito arrecifes individuais son illas baixas e areosas, cunha superficie total de ao redor de 4,5km². Todas as illas e as súas augas circundantes son unha Reserva Natural Estrita desde 1998.[2] A lonxitude total das extensións orientais e meridionais do banco, así como os arrecifes da zona central están totalmente mergullados.
As illas do Gran Banco de Chagos, comezando en sentido horario desde o sur, son as seguintes:
Danger Island (un pouco máis de 2km de longo de norte a sur, por 1km de largo, a superficie da terra e de 0,66km² a vexetación son palmeiras de ata 12 m de alto.
O gran banco de Chagos foi por primeira vez estudado polo Comandante Robert Moresby da Indian Navy en 1837, todos os outros mapas que se editaron durane máis dun século e medio baseábanse no seu.[3] Malia que os mapas dos atois formados polos arrecifes emerxidos na súa maioría, como Peros Banhos e Diego García, eran relativamente precisos, a cartografía dos arrecifes mergullados que forman o Gran Banco de Chagos eran todo un reto. A forma real dos arrecifes afundidos só se coñeceu por imaxes satelitais cando chegou a estar dispoñible na última parte do século XX.
Os debuxos orixinais da Hidrográfia de Moresby non coinciden coa forma real dos arrecifes mergullados, especialmente nas zonas onde non había illas emerxentes cerca, como no bordo sueste. Os primeiros estudos hidrográficos na década de 1980 marcaron mapas de navegación das Chagos cunha liña de puntos e a lenda "existencia dubidosa" ata a edición de 1998.[4]
