Morotai está situado a poucos quilómetros ao nordeste de Halmahera (separada polo Estreito de Morotai). Ten unha superficie de 1.800km² e unha costa de 223,7km. Na súa maioría montañoso, o seu punto máis alto alcanza 1.250 metros. Gran parte da illa está cuberto por selvas. A illa ten uns 40.000 habitantes.
Durante os séculos XV e XVI a illa estaba baixo a esfera de influencia musulmá do poderoso Sultanato de Ternate, base dunha gran rexión que incluía as illas costeiras ao sur de Morotai. Na metade do século XVI, converteuse no centro da misión dos Xesuítas portugueses instalados na rexión, que durante máis dun século cusou conflitos entre o Goberno do Sultanato e a poboación cristianizada da illa, e algúns veronse obrigados a marchar de Morotai a outras illas dentro da influencia do sultanato, nos que podían ser mellor controlados relixiosamente.
