常见组蛋白修饰汇总

组蛋白修饰是表观遗传学的重要分支，它不改变DNA序列，却能通过修饰“开关”基因表达，影响细胞命运和疾病进程。染色质是由组蛋白八聚体和缠绕其上的DNA组成的复杂结构，其中核小体作为基本单元，由146 bp的DNA片段缠绕组蛋白八聚体约1.65圈构成，并连接着20-50 bp的linker DNA。

ChIP-seq，全称是。

组蛋白翻译后修饰及研究方法介绍

比对的目的就是“推本溯源”，把我们的reads比对到参考基因组上，利用Bowtie2或这BWA看看我们过滤后的reads能匹配到基因组的什么位置。–SPMR：这个选项启用单峰模型（Single Peak Model with Random shift），它通过在每个读段（read）的范围内随机移动读段的起始位置来减少局部聚集效应，从而更准确地检测峰。–broad：这个选项表示输出的峰可能是宽泛的（broad peaks），这通常用于检测如H3K27ac这样的组蛋白修饰，这些修饰往往覆盖较宽的基因组区域。

一、组蛋白结构 在了解组蛋白修饰前，先复习一下幼儿园学过的组蛋白结构。 我们都知道在细胞核中的染色体是高度压缩的，而折叠时DNA缠绕的就是组蛋白。 将组蛋白区域放大，我们就会看到这样一串念珠，组蛋白被一根DNA序列串起来。 为了方便研究，我们将一个组蛋白和其附近 147bp DNA片段，叫一个核小体。也就是说， 核小体 = 组蛋白 + DNA(147bp) 把组蛋白拆开来，它其实有八个部分来构成： 组蛋白八聚体 = 2个H2B + 2个H2A + 2个H3 + 2个H4 下面是检测到的组蛋白三维结构

数据库中的所有条目都辅以丰富的序列和结构注释，以及许多交互式工具，用于探索和比较来自各种生物体的不同变体的序列。总共有 1534 个 ChIP-seq，来自 27 种类型的组蛋白修饰、11 种类型的组蛋白变体和 4 种类型的组蛋白，这些蛋白是从基因表达综合 （GEO） 和序列读取档案 （SRA） 收集的，该数据库还包括植物状况的信息。为了可视化每个氨基酸残基的修饰条目，点击连续行左侧、组蛋白变体的氨基酸序列下方的“+”按钮，将给出单个修饰条目的信息，包括类型、定位、来源和置信水平。

CUT&Tag是研究蛋白和DNA互作的新兴实验方法，该方法是通过蛋白特异性抗体引导Protein A-Tn5酶在目标蛋白结合的DNA位置进行切割并且在序列两端加上测序接头，经过PCR扩增后形成可以用于高通量测序的文库，随后对文库进行测序分析从而解析与目标蛋白结合的DNA片段。组蛋白修饰常见的功能包括：转录激活和抑制、细胞分化、细胞有丝分裂、DNA损失修复，但最为普遍的功能是对基因表达的调控（转录激活和抑制）。在研究组蛋白修饰时，四种标准组蛋白中的每一种都可能在多个位点被修饰，其N末端具有不同的修饰。

DNA 甲基化以及组蛋白修饰

例如，组蛋白H3在丝氨酸10和28上的磷酸化，以及组蛋白H2A在T120上的磷酸化，参与有丝分裂过程中染色质的致密化，调节染色质结构和功能，是细胞周期和生长的重要标志；组蛋白修饰是表观遗传调控的核心机制之一，通过共价修饰（如甲基化、乙酰化等）改变染色质结构，从而精确调控基因表达，决定细胞的功能和发展方向。相较于传统ChIP技术，它们在实验操作上更为简便，大幅降低了样本需求量，并且在数据质量上有显著提升，能够更高效、灵敏地检测组蛋白修饰，为组蛋白修饰研究提供了新的高效手段，进一步推动了该领域的研究进展。

ops_request_misc=%257B%2522request%255Fid%2522%253A%25220dab189fb37970a636ede979c1e39ca8%2522%252C%2522scm%2522%253A%252220140713.130102334…组蛋白是染色质的核心组成部分，通过其结构特性和化学修饰对基因表达、DNA稳定性以及细胞功能起着关键作用。组蛋白的N端尾部是化学修饰的主要区域，其修饰类型和位点决定了染色质的状态和基因表达的结果。

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组蛋白修饰是以共价方式进行的蛋白质翻译后修饰，常见的修饰包括甲基化、磷酸化、乙酰化和泛素化等，近年来发现了不少新型修饰类型，比如丙酰化、丁酰化、2-羟基异丁酰化、琥珀酰化、丙二酰化、戊二酰化、巴豆酰化、β-羟基丁酰化和乳酸化。不同的修饰类型以及修饰的位置构成了组蛋白修饰的功能多样性。

DNA甲基化（DNA methylation）为DNA化学修饰的一种形式，能够在不改变DNA序列的前提下，改变遗传表现。组蛋白修饰（histone modification）是指组蛋白在相关酶作用下发生甲基化、乙酰化、磷酸化、腺苷酸化、泛素化、ADP核糖基化等修饰的过程。核小体是染色质的基本结构单位，由DNA和H1、H2A、H2B、H3和H4等5种组蛋白(histone，H）构成。组蛋白（histone）是真核生物体细胞染色质与原核细胞中的碱性蛋白质，和DNA共同组成核小体结构。组蛋白的甲基化修饰： 组蛋白

#组蛋白：（histone）是真核生物体细胞染色质与原核细胞中的碱性蛋白质，和DNA共同组成核小体结构。它们是染色质的主要蛋白质组分，作为DNA缠绕的线轴，并在基因调控中发挥作用. 所以组蛋白是在所有真核生物的细胞核中，与DNA 结合组成的碱性蛋白质的总称。组蛋白的基因非常保守。亲缘关系较远的种属中，四种组蛋白（H2A、H2B、H3、H4）氨基酸序列都非常相似。存在五个主要的组织蛋白家族：H1/...

在组蛋白的N-末端区域有一段富含赖氨酸和精氨酸的尾巴，上面的氨基酸可以被一些修饰酶添加各种修饰基团，比如甲基、乙酰基和磷酸基等，这个过程就叫组蛋白修饰。上的研究揭示了乳酸在表观遗传途径中的作用，首次发现乳酸能够通过修饰组蛋白来调节基因的转录过程，引发了对乳酸化修饰的广泛关注（Zhang et al., 2019）。组蛋白乳酸化修饰也成为了表观修饰的新热点。在医学类研究中肿瘤细胞内的乳酸水平较高，对乳酸化修饰的研究对于相关疾病的治疗研究至关重要，可以说乳酸化修饰是研究肿瘤疾病发生发展的又一新方向和新赛道。

01什么是组蛋白修饰天然的DNA分子很长，尤其是在真核生物中，例如人类的DNA长度为2m（Bloom et al., 2010）。将如此庞大的遗传信息放入7μm左右的细胞核中，就需要将长DNA分子包装成更紧凑、更致密的高度压缩结构。在高中生物课上，我们知道这个结构叫做染色体，染色体是染色质高度螺旋后的形态。染色质的基本组成结构单位是核小体，因此参与核小体装配的组蛋白是决定染色质包装程度的重要因素之一。图1 核小体结构。在先前的推文“解析表观遗传学的工具——ChIP-seq（一）”中小远详细的描述过核小体的结

查看哪些转录因子的结果与输入peak的结果有明显的重叠,可以用于转录因子的colocation分析。Cistrome DB是来自人类和小鼠的ChIP-seq、ATAC-seq和DNase-seq数据的资源，提供了转录因子、辅因子、染色质重塑因子、组蛋白翻译后修饰和可用于核酸内切酶活性的染色质区域的全基因组位置图。为了识别TF直接调控的基因，该网站还开发了一个名为Cistrome GO的网络服务器，该服务器允许用户输入ChIP-seq峰值，并通过加权基因周围峰值的贡献来输出基因得分，以指示TF的调控潜力。

组蛋白是核小体的组成单位，真核生物的一个核小体由组蛋白H2A，H2B，H3和H4形成的八聚体以及缠绕在上面的DNA组成。在组蛋白的N端尾部会发生大量的翻译后修饰，例如甲基化、乙酰化、泛素化等。不同的组蛋白修饰对机体会有不同的功能，例如调控RNA转录、DNA复制和损伤的修复等。其中，组蛋白的赖氨酸（K）可以在一定情况下被乳酸化修饰（lactylation），这种翻译后修饰的现象被称为组蛋白乳酸化。