GEO探针转换为symbol

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VIP免费原创最新推荐文章于 2026-09-14 15:14:22 发布 6k 阅读 AI 写同款· GEO 优化 ›

GEO芯片数据下载和探针ID转换（保姆级教程） R语言安装、GEO芯片数据下载、探针ID转换阅读详情

用首先下载GEO数据有的下载会有几个对象有的就只有一个但是不影响因为GSE就是数据的集合，这几个不同的对象只是测序平台不同而已这里选择第二个对象

gset = getGEO('GSE12417', destdir=".",getGPL = F)
e2=gset[[2]]   #取下载geo数据list中的第一个对象 可以看见它测序用哪一个GPL平台
               #也可以取其他的对象，反正记住对应的测序GPL平台
expr=e2@assayData[["exprs"]]   #获取表达矩阵
expr=exprs(e2)    #用function直接获得了表达矩阵  二者一样

附三个对象：可以看到第二个对象测序平台为GPL96

去geo数据库搜索GSE12417，往下翻

点击GPL96进入该界面

download到当前工作路径下，然后读入

anno=fread("GPL96-57554.txt",header = T,data.table = F)#一定要data.table=F
gene.1=anno[,c("ID","Gene Symbol")]     #获得探针对应symbol的data.frame
#由于一个探针可能对应多个sy

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GEO生信数据挖掘（二）下载基因芯片平台文件及注释检索到目标数据集后，开始数据挖掘，本文以阿尔兹海默症数据集GSE1297为例上节我们，但是矩阵行名称是芯片探针需要转换为基因名。阅读详情

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