使用MrBayes构建贝叶斯系统发育树【实践】

最新推荐文章于 2026-08-23 12:49:41 发布
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本文介绍如何通过贝叶斯推断构建分子系统发育树，包括所需软件、数据准备及具体步骤。从数据格式转换到MrBayes软件运行全过程详解。

建树是分子系统发育与进化研究中绕不过去的一道坎，本文就本人实际经验介绍贝叶斯树的实际操作：

基于不同原理的系统发育树构建方法的比较

 

 

Bayesian Inference (BI）建树

需要使用的软件包括: PAUP、SequenceMatrix、MrModeltest、Mrbayes软件

数据准备

1.1 数据格式转换

将fasta数据格式转为nex文件格式，可使用MEGA等软件。

1.2 为nex格式文件添加MrModelblock命令文本

2. 使用Paup计算Score值

直接使用windows-PAUP打开上一步粘贴有MrModelblock的nex文件。

3. 使用mrmodeltest计算推荐模型 （MrMTgui软件已失效）

本文使用的是linux版本的mrmode

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