R语言怎么比较两个模型C指数,手把手教你用R语言评价临床预测模型,一文就够(附代码)...

(三)Logistic回归模型评价:

在常用的临床模型构建中,主要分为两种,包括临床预测模型(Cox回归模型)和临床诊断模型(Logstic回归模型)。在之前的内容中,阿琛给大家介绍了如何使用Nomogram图将临床预测模型可视化,以及Cox回归模型的相关评价指标。

下面是临床模型的第三集临床诊断模型篇,即如何对Logistic回归模型进行评价。

1.建立Logistic预测模型:

1.1 引用R包:

#install.packages("foreign")

#install.packages("rms")

#install.packages("pROC")

#install.packages("rmda")

#install.packages("nricens")

library(foreign)

library(rms) #构建Logstic模型

library(pROC) #绘制ROC曲线

library(rmda) #绘制DCA曲线

library(nricens) #计算NRI值

1.2 读取文件:

setwd("C:Users 00Desktop14_Logstic") #设置工作目录

rt

head(rt) #查看前5行的数据

可以发现,该数据集主要包括5个不同的变量和1个结局变量;在此,我们主要通过构建临床诊断模型,来预测结局Status。

2a991858ef8709e87420fb64d1078d62.png

1.3 构建Logstic模型:

首先,对数据集中的相关参数进行设置;

rt$Age =60"

cox计算C-index及两模型进行C-index的比较,survcomp的安装及使用 计算COX模型cindex 以及 两个cox模型的假设检验 方法1:基于cox直接生成系数以及计算的C-index值 library("survminer") library("survival") ######### 生成COX模型 cox_model <- coxph() ####直接查看coxph summary(cox_model) ########## call之后: Concordance= 0.735 (se = 0.035 ) 即是C-index ########## 查看cind 阅读详情

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焦秀文
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