2020.9.12丨变异检测的原理&应用方向

本文详细介绍了变异检测的原理和技术要点,包括SNP、InDel、SV和CNV的定义及检测方法。探讨了二代与三代测序技术在变异检测中的优势与局限,以及长读长测序在处理重复区域和提供连续基因组装配方面的独特价值。
  • 变异检测的原理&技术要点
    • 定义:变异检测是指 通过测序 技术对某一物种个体或群体的基因组进行测序及差异分析,获得单核苷酸多态性SNP )、插入缺失 InDel )、结构变异( SV )、拷贝数变异CNV )等大量的遗传变异信息用于开发分子标记建立遗传多态性数据库,为后续揭示进化关系、挖掘功能基因等奠定数据基础。
    • 按照片段大小分类:
      • 单碱基:SNP
        • SNP (单核苷酸多态性)主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的 DNA 序列多态性,包括单个碱基的转换、颠换等。利用 GATK软件对群体数据进行变异检测及过滤,进一步 过滤 SNP 的 reads 支持数小于 4 的位点,得到高可信度的 SNP
      • 1-50bp:InDel
        • InDel 是指基因组中小片段的插入和缺失序列,其长度在 1 50bp 之间。我们采用 GATK 软件进行个体 InDel 的检测。 Small InDel 变异一般比SNP 变异少,同样反映了样品与参考基因组之间的差异,并且编码区的 InDel 会引起移码突变,导致基因功能上的 变化。
      • 50-1000bp:SV
        • SV
          • (结构变异)指基因组水平上大片段的插入、缺失、倒置、易位等序列。可利用 Lumpy, Manta, Delly 软件,基于 pair endreads 比对到参考基因组上面的关系及实际 insert size 大小检测样品与参考基因组间的插入( insertion INS )、缺失 deletionDEL )、倒置 inversion INV )、染色体内部迁移 intra chromosomal translocation ITX )、染色体间的迁移 interchromosomal translocation CTX 。
      • 大于1000bp:CNV
        • 拷贝数异常
        • (copy number variations, CNVs 是属于基因组结构变异( structural variation ),根据大小可分为两个层次:显微水平microscopic )和亚显微水平 ( 。显微水平 的基因组结构变异主要是指显微镜下可见的染色体畸变 , 包括 整倍体或非整倍体、缺失、插入、倒位、易位、脆性位点等结构变 异。亚微水平的基因组结构变异是指 DNA 片 段 长 度 在 1Kb 3Mb 的基因组结构变异 , 包括缺失、插入、重复、重排、倒 位、 DNA 拷贝数目变化等,这些统称为 CNV (也称为拷贝数多态性 (copy number polymorphisms, CNPs )。
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