2020.9.9丨微生物多样性、宏基因组测序原理

16S rDNA测序及宏基因组测序都是研究微生物的重要方法，那么问题来了：这两者到底有什么区别呢？什么情况下需要做16S测序？什么情况下需要做宏基因组测序？什么情况下需要二者结合使用呢？ 那么在开始宏基因组测序专题前，小编需要给大家解决一个非常重要的问题——16S测序和宏基因组测序的主要区别是什么？在解决这个问题前，小编先要来说说什么是宏基因组测序：宏基因组测序(Me...

细菌基因组测序原理 细菌定义： 属于原核生物，无核膜、DNA裸露，分真细菌和古细菌两大类的微生物。是在自然界分布最广、个体数量最多的有机体，是大自然物质循环的主要参与者。 细菌基因组特点： 基因组：一般在0.16- 13Mb，大部分在5M左右； 编码序列：占总长度的90%，基因平均大小为 1kb； 结构特点：多为一条环状闭合双链DNA，无内含子 细菌基因组产品类型、 产品列表Pacbio 准确率较高，成本高 ONT测序平台通量高，成本低（混样建库加Barcode：

基于高通量测序的微生物组研究技术简介——微生物组研究，从方案设计到写作套路(一)作者：王晓雯 凌波微课 版本1.0.2，更新日期：2020年9月22日微生物组研究的热潮愈演愈烈，已经深入...

福利公告：为了响应学员的学习需求，经过易生信培训团队的讨论筹备，现决定安排扩增子16S分析、宏基因组、Python课程和转录组的线上直播课。报名参加线上直播课的老师可在1年内选择参加同课...

在广大粉丝的期待下，《生信宝典》联合《宏基因组》在2020年4月10-12日北京推出《扩增子16S分析》专题培训第八期，为大家提供一条走进生信大门的捷径、为同行提供一个扩增子分析实战学习...

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细...

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摘要 接到一个常规细菌的组装注释项目，不过客户提出想要获取关于组装结果与病毒之间的联系/按之前的操作，dfast没有病毒相关的数据库，无法满足客户需求。一番查阅，发现大家用这个VFDB数据库进行常规的病毒注释，下面将介绍一下使用该数据库进行注释的过程。由于比对工具diamond之前没有介绍过，此次也将一并介绍。 介绍 DIAMOND简介 DIAMOND是用于蛋白质和翻译DNA的搜索序列比对工具，旨在用于大序列数据的高性能分析。 主要功能包括： BLAST以100x-10,000x的速

最近做RNA-seq项目的时候准备用R的boxplot()工具画一个各个样品的箱线统计图。 然而，在运行脚本后报错 Error in `[.data.frame`(fpkm, , c("MB7409-A", "MB7409-B", "MB7409-C", : undefined columns selected Calls: [ -> [.data.frame Execution halted 抓取数据列的命令哪里错了呢？ 打开输入的数据框和脚本做对比 数据是.

遗传图谱简介 遗传学三大定律 1、分离定律（1对染色体上1对基因或者标记） 控制同一性状的遗传因子成对存在，不相融合；在减数分裂形成配子时，成对的遗传因子发生分离， 分离后的遗传因子分别进入不同的配子中，随配子遗传给后代的现象。 2、自由组合定律（2对染色体上2对基因） 子一代产生配子时，在等位基因分离的同时，非同源染 色体上的2个或者多个基因表现为自由组合。 其实质是针对2对染色体上基因，一对染色体上的等位基 因与另一对染色体上的等位基因的分离或组合是彼此间 互不干扰的，各自独立

基本概念： 第三代基因测序技术又被为“Single Molecule Real Time (SMRT™) DNA Sequencing”（单分子实时DNA测序技术），该方法基于纳米孔的单分子读取技术，不需要扩增即可快速读取序列。目前，Pacific Biosciences公司已经成功推出了商业化的第三代测序仪PacBio RS平台和PacBio Sequel平台 SMRT测序原理 步骤1：将磷酸化核苷酸引入零模波导孔（ZMW） 步骤2：核苷酸在检测体积中保持数十毫秒，当被光激发时发出荧光。 捕获

在使用R语言 在使用R进行数据处理时，我们经常可能会需要对每一行的首行（可能是姓名，geneID等）进行比对。在比对过程中有时会遇到一个小问题，就是明明处理前和处理后的geneID没有变化，但是生成的文件中，列名和行名都打上了双引号，导致比对出现问题，这是为什么？ 这里就要提到在R中write.table()的默认参数了。我们来举个例子 这是R已经读取的基因表达水平的表格文件，这里geneID还没有双引号的，最左边是R提供的排序列，之后通过row.names取消掉 接下来我们使用writ

自然群体研究方法概览 研究材料、方法、方向 关系图 方法概览 遗传进化 进化\驯化历史 分化时间 地理起源 GWAS 基因定位 遗传进化分析 定义 通过系统发育分析揭示物种或种群间 的进化关系和发展历史。 研究目的 亲缘关系 动态分析（地理、分化、进化、历史） 表型性状 1.材料选择 选材来源 ①不同进化阶段：祖先种→野生种→驯化种→改良种 ②不同生境：不

Sequel II 平台介绍 零模波导孔(ZMW)：是Sequel II平台的最小测序单元，每个SMRT cell包含800万个零模波导孔。测序时，落入孔中的序列会被反复读取，每读取1次得到1条subread，即一个ZMW中的所有subreads来源于同一条转录本 subread(子序列): 是ploymerase read去掉接头（adapter）后的序列。每个ploymerase read可以分割成一个或多个子序列(subread)，图中共有3条subreads，其中full passes的subr

变异检测的原理&技术要点 定义：变异检测是指 通过测序 技术对某一物种个体或群体的基因组进行测序及差异分析，获得单核苷酸多态性SNP ）、插入缺失 InDel ）、结构变异（ SV ）、拷贝数变异CNV ）等大量的遗传变异信息用于开发分子标记建立遗传多态性数据库，为后续揭示进化关系、挖掘功能基因等奠定数据基础。 按照片段大小分类： 单碱基：SNP SNP （单核苷酸多态性）主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的 DNA 序列多态性，包括单个碱基的转换、颠换等。利用 GATK软

今天照常进行比对工作，涉及到某一个样品需要比对，于是将.sh文件里的脚本直接复制粘贴出来，去掉了循环开始跑，结果是没问题的，但是在下一步使用samtools进行转换的时候发生了报错 parse error at line 1 truncated file. 网上查了一下，发现是bwa可能存在安装问题，不能使用nohup进行运行。参考链接：sam转bam文件报错 - 简书 (jianshu.com) 取消nohup之后，正常运行 ...

春节过后积压了很多项目，疯狂做项目导致将近半个月没有写博客，这周终于有空进行一些梳理。本次介绍的工具是CNVnator，这个工具是由于Integration Site Analysis项目需要找到插入位点，领导推荐了几个工具，其中就包含CNVnator。 下载安装 预装依赖包： ROOT、samtools、hstlib Anacongda/miniconda安装： conda install cnvnator 最方便快捷，如果连接超时，建议单独创建一个环境用于安装cnvnator